از اعلام خبر ترور آیتالله خامنهای که نمایندگی امام(ره) در شورای عالی دفاع و امامت جمعه تهران را برعهده داشت، حضرت امام خمینی(ره)، رهبر کبیر انقلاب، پیامی خطاب به ایشان صادر کردند، ایشان در بخش هایی از این پیام آوردند:
" اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم(ص) و خاندان حسین بن علی (ع) هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب میباشید، میزان تفکرسیاسی خود و طرفداری از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند.
اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم(ص) و خاندان حسین بن علی (ع) هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب میباشید، میزان تفکرسیاسی خود و طرفداری از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند. اینان با سوء قصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحهدار نمودند. اینان آن قدر از بینش سیاسی بینصیبند که بیدرنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایات دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنینانداز است.
در عمل غیرانسانی به جای برانگیختن رعب، عزم میلیونها مسلمان را مصممتر و صفوف آنان را فشردهتر نمودند. آیا با این اعمال وحشیانه و جرایم ناشیانه وقت آن نرسیده است که جوانان عزیز فریبخورده از دام خیانت اینان رها شوند و پدران و مادران، جوانان عزیز خود را فدای امیال جنایتکاران نکنند و آنان را از شرکت در جنایات آنان برحذر دارند؟ آیا نمیدانند که دست زدن به این جنایات، جوانان آنان را به تباهی کشیده و جان آنان به دنبال خودخواهی مشتی تبهکار از دست می رود؟ به شما خامنهای عزیز، تبریک میگویم که در جبهههای نبرد با لباس سربازی و در [COLOR=#76923c]پشت جبهه با لباس روحانی این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم." میشوم در 6 تیرماه 1360 ایشان به وسیله بمبی که در یک ضبط صوت روی تریبون سخنرانیشان بود مورد سو قصد قرار گرفتند. البته به علت عمل نکردن بمب به صورت کامل، ایشان زنده ماندند، اما آسیب های وارده به کتف، دست و لگن ایشان اثرات باقی مانده از آن انفجار است. فرقان حادثه را عهده دار شد، اما تحقیقات حکایت از دست داشتن سازمان مجاهدین میکرد چرا که گروه فرقان در سال 1359 اساساً منحل شده و سران این گروه دستگیر و محاکمه شده بودند. محققین معتقد هستند که سازمان مجاهدین خلق از این نام تنها برای پوشاندن اعمال تروریستی خود استفاده میکرده است.