اين اسناد را "مرکز اسناد امنيت ملی" (National Security Archive) منتشر کرده که مؤسسه ای وابسته به دانشگاه جورج واشنگتن در آمريکاست.
بنابراين اسناد، آقای گيتس در آن زمان به عنوان يکی از مقامات سازمان اطلاعاتی آمريکا (سيا) در عملياتی پنهان دست داشته است که طبق آن، آمريکا از سويی به صورت پنهان به ايران که آن زمان در قطع رابطه کامل با ايالات متحده قرار داشت و در حال جنگ با عراق بود اسلحه می فروخت و از سوی ديگر به شورشيان مخالف دولت نيکاراگوآ که کونترا نام داشتند برای دستيابی به قدرت کمک می کرد.
هدف آمريکا از فروش سلاح به ايران، جلب کمک اين کشور برای آزادسازی آمريکاييهايی بود که در لبنان به گروگان گرفته شده بودند.
بنابر آنچه مرکز اسناد امنيت ملی آمريکا منتشر کرده، رابرت گيتس در آن بخش از عمليات معروف به ايران - کونترا دست داشته که به نيکاراگوآ مربوط می شده است.
ماجرای ايران - کونترا در ايران به نام رابرت مک فارلين مشهور است که مشاور امنيت ملی رونالد ريگان، رئيس جمهور وقت آمريکا بوده و ماهها پس از استعفا از مقام خود همراه با اليور نورث، عضو وقت شورای امنيت ملی آمريکا سفری پنهانی در بهار 1986 (1365) به تهران کرد تا با مقامات ايرانی ديدار کند.
لو رفتن اين سفر و مطرح شدن آن در مطبوعات جهان به رسوايی بين المللی انجاميد و ايران نيز ناگزير به موضعگيری شد، تا آنجا که اکبر هاشمی رفسنجانی، رئيس وقت مجلس شورای اسلامی در خطبه های نمازجمعه تهران رسماً به معامله تسليحاتی پنهان ميان ايران و آمريکا اعتراف کرد، آن هم در حالی که آيت الله خمينی رهبر وقت جمهوری اسلامی رابطه ميان ايران و آمريکا را به رابطه گرگ و ميش تشبيه می کرد و مقامات جمهوری اسلامی همواره پافشاری می کردند که ايران به هيچ وجه اقلام تسليحاتی خود را از خارج وارد نمی کند.
لو رفتن سفر رابرت مک فارلين و اليور نورث به تهران به مجله لبنانی الشراع نسبت داده می شود که در پی آن، اعضای برخی گروههای لبنانی، حسن صبرا سردبير اين مجله را بشدت مورد ضرب و شتم قرار دادند.
گفته می شود اطلاعات مربوط به ماجرای مک فارلين را سيد مهدی هاشمی، از بستگان آيت الله منتظری، جانشين وقت رهبر جمهوری اسلامی که در سپاه پاسداران به امور مربوط به جنبشهای مورد حمايت ايران در خارج اشتغال داشت در اختيار مجله الشراع قرار داده بود.
سيد مهدی هاشمی به اتهام قتل و توطئه عليه جمهوری اسلامی بازداشت و اعدام شد.
در سيزدهم آبان 1365 که مصادف با هفتمين سالگرد اشغال سفارت آمريکا به دست دانشجويان ايرانی بود، آقای هاشمی رفسنجانی در خطبه های نمازجمعه تهران گفت که نيروهای مسلح ايران از پيش از انقلاب با سيستمهای آمريکايی تجهيز شده و نيازمند لوازم يدکی بودند و همچنين معاملاتی برای خريداری تسليحات از آمريکا پيش از انقلاب صورت گرفته بوده که پول آن از طرف ايران پرداخت شده بوده است.
به گفته آقای هاشمی، آمريکاييها تجهيزات را از راه هوا برای ايران می فرستادند، وی در عين حال آمريکاييها را متهم کرد که به جای تجهيزات آمريکايی، لوازم اسرائيلی به ايران فرستاده است تا به قول وی، ايران را بدنام کنند.
آن گونه که آقای هاشمی گفت، رابرت مک فارلين و اليور نورث نيمه شب در فرودگاه مهرآباد تهران فرود می آيند و خواستار ديدار با وی و برخی ديگر از مقامات بلندپايه ايرانی می شوند.
وی گفت که اين دو مقام آمريکايی يک جلد انجيل که رونالد ريگان به خط خود پشت جلد آن برای آيت الله خمينی يادداشتی نوشته و امضا کرده بود همراه با يک کيک و يک قبضه طپانچه به عنوان هديه برای مقامات ايرانی آورده بودند.
آقای هاشمی رفسنجانی گفت که درخواستهای رابرت مک فارلين و اليور نورث را رد کرد و آنان نيز دست خالی به آمريکا بازگشتند.
در پی لو رفتن ماجرا، گروهی از نمايندگان مجلس ايران در قالب سؤال، از علی اکبر ولايتی وزير وقت امورخارجه در اين زمينه توضيح خواستند اما اين اقدام خشم آيت الله خمينی را برانگيخت و برخی از اين نمايندگان همچون جلال الدين فارسی و سيد محمد خامنه ای، برادر بزرگتر رهبر کنونی ايران برای هميشه از صحنه سياسی ايران بيرون رفتند.
در آمريکا نيز افشای تماس پنهان با ايران به يکی از بزرگترين رسواييهای تاريخ معاصر آمريکا مبدل شد و بر واپسين سالهای رياست جمهوری رونالد ريگان سايه انداخت.
سه هفته پس از آنکه اکبر هاشمی رفسنجانی به معامله پنهان با آمريکا اعتراف کرد، ادوين ميس، دادستان کل ايالات متحده از عمليات ايران - کونترا رسماً پرده برداشت و فاش ساخت که ميليونها دلار از بودجه دولت آمريکا، هزينه اين عمليات پنهان شده است.
بلافاصله پس از اين افشای اين رسوايی، اليور نورث از شورای امنيت ملی برکنار و همراه با برخی ديگر از دست اندرکاران عمليات ايران کوننرا محاکمه شد.
اليورنورث سرانجام به سه سال حبس تعليقی و جريمه نقدی محکوم گرديد.
